نرم افزار Jmol یک برنامه متن باز جاوا برای مدل سازی مولکولی و تجزیه و تحلیل ساختار های شیمیایی در سه بعد می باشد.
نرم افزار Jmol نمایش سه بعدی از مولکول را ارائه می دهد که می توان به عنوان ابزار اموزش یا برای تحقیقات در زمینه های شیمی و بیو شیمی از آن استفاده کرد.
این برنامه یک برنامه متن باز و رایگان می باشد که به زبان جاوا نوشته شده است و همچنین این برنامه در سیستم های Window , Mac OS X , Linux , Unix اجرا می شود.
یکی از ویژگی های محبوب این برنامه این است که می تواند با صفحات وب یکپارچه شود تا مولکول را به شیوه های مختلف نشان دهد. برای مثال مولکول ها می توانند به صورت مدل گلوگه و میله ، مدل فضا پرکن ، مدل نواری و غیره نشان داده شوند.
Jmol از بسیاری از فرمت های فایل مولکولی پشتیبانی می کند نظیر :
(Protein Data Bank (pdb
(Crystallographic Information File (cif
(MDL Molfile (mol
(Chemical Markup Language(CML
این برنامه بر پایه ی جاوا می باشد پس قبل از استفاده از نصب بودن جاوا بر روی سیستم خود اطمینان حاصل نمایید.